円形脱毛症の原因はひとつに限定できないことが多く、さまざまな原因が合い重なって発病すると考えられています。
大きな原因としては、アトピー性皮膚炎などの「自己免疫疾患」、「内分泌の異常」、そして「ストレス」などが挙げられます。
これらの外的な原因とは別に、内的な原因、つまり遺伝的素因というものも円形脱毛症の発病に大きく関与していると言われます。家族内で、円形脱毛症の発生する率が３０パーセントと高いこともこの説を裏付けています。
さらに興味深いことには、双子の場合、一卵性双生児では双子の両方に円形脱毛症が発症するパーセントが高く、二卵性双生児になると双子の片方だけに症状が見られるケースが多いということです。
さらに、ＨＬＡ（ヒト白血球型抗原）が円形脱毛症の患者に共通して見られ、この場合、原因は明らかに遺伝的素因にあることがわかります。
